Inicialmente, cada unha das tres Comunidades tivo o seu propio Consello, pero a raíz da conclusión do denominado Tratado de Fusión (CECA, CEE e EURATOM), que entrará en vigor o 1 de xullo de 1967, xa só existe un Consello único, que, non obstante, posúe distintas competencias, segundo que actúe como Consello da CECA, da CE ou da EURATOM. Non obstante, desde xullo de 2002 o Tratado Constitutivo da CE do Carbón e Aceiro xa non está vixente así que a CECA xa non existe. No ámbito da EURATOM o Consello ocupa unha posición menos preeminente. Polo contrario, no ámbito da CE e da EURATOM o Consello dispón de moi amplos poderes, tanto de carácter político como normativos, se ben estes últimos condicionados polo dereito de iniciativa, que corresponde á Comisión, e polo aumento das competencias lexislativas do Parlamento Europeo. Ao Consello correspóndelle a defensa dos intereses dos Estados fronte ao interese da Comunidade no seu conxunto, personificado na Comisión. Iso significa que o Consello é o órgano no que están representados os gobernos dos Estados membros e no que cada un deles trata de defender os seus propios intereses fronte aos demais.

O Consello asegurará a coordinación das políticas económicas xerais dos Estados membros, disporá dun poder de decisión e atribuirá á Comisión, respecto dos actos que o Consello adopte, as competencias de execución das normas que este estableza.

A Presidencia exercerase por rotación por cada Estado membro no Consello durante un período de seis meses segundo unha orde que determinará o Consello por unanimidade. A orde establecida é a seguinte:

ANO	PRIMEIRO SEMESTRE	SEGUNDO SEMESTRE
1995	Francia	España
1996	Italia	Irlanda
1997	Holanda	Luxemburgo
1998	Reino Unido	Austria
1999	Alemaña	Finlandia
2000	Portugal	Francia
2001	Suecia	Bélxica
2002	España	Dinamarca
2003	Grecia	Italia
2004	Irlanda	Holanda
2005	Luxemburgo	Reino Unido
2006	Austria	Finlandia
2007	Alemania	Portugal
2008	Eslovenia	Francia
2009	Republica Checa	Suecia
2010	España	Bélxica
2011	Hungría	Polonia

As funcións desempeñadas pola Presidencia pódense resumir en tres: 

• a coordinación do traballo do Consello
• a representación deste perante o Parlamento Europeo, e
• a representación da Unión Europea xunto á Comisión no ámbito internacional.

O Tratado da Unión Europea baseou as actividades da Unión en tres «piares» e estableceu que as decisións fundamentais deben tomarse por maioría cualificada ou por unanimidade. 

O primeiro piar abarca unha ampla serie de políticas comunitarias (tales como agricultura, transporte, medio, enerxía, investigación e desenvolvemento) deseñadas e levadas a cabo de acordo cun procedemento ben probado de toma de decisións que comeza cunha proposta da Comisión. Logo dun exame detallado realizado por expertos, o Consello pode, no ámbito político, adoptar, emendar ou ignorar a proposta da Comisión. 

O Tratado da Unión Europea incrementou o papel do Parlamento Europeo por medio dun procedemento de codecisión, o que significa que o Parlamento adopta xunto ao Consello unha ampla serie de actos lexislativos, sobre temas tales como o mercado interior, a política de consumo, as redes transeuropeas, a educación e a saúde. 

Na grande maioría dos casos (incluídos a agricultura, a pesca, o mercado interior, o medio natural e o transporte) o Consello decide por maioría cualificada dos Estados membros, coa seguinte ponderación: 
 

Alemaña, Francia, Italia e o Reino Unido:	10 votos
España:	8 votos
Bélxica, Grecia, os Países Baixos e Portugal:	5 votos
Austria e Suecia:	4 votos
Irlanda, Dinamarca, e Finlandia:	3 votos
Luxemburgo:	2 votos
Total:	87 votos

Logo de ampliarse a UE a quince Estados, desde o 1 de xaneiro de 1995, sobre un total de 87 votos, a maioría simple lógrase con 44. A cualificada, con 62  (un 71% dos votos) cando é sobre proposta da Comisión, necesitándose nos demais supostos, a postura positiva de dez Estados.

No caso das votacións relativas ao Protocolo Social -a incorporación ao TUE da chamada Carta Social Europea, que o Reino Unido non asumiu pola súa cláusula de exclusión ao ratificar o Tratado de Maastrich-, a maioría cualificada fórmase sobre 77 votos en total (ao retirarse do sufraxio os 10 británicos) con só 52; en vez dos 62 esixidos con carácter xeral.

Produciuse no Tratado de Amsterdam unha ampliación da votación por maioría cualificada en diversos ámbitos: coordinación das disposicións legais, regulamentarias e administrativas que prevexan un réxime especial para os estranxeiros, adopción e posible adaptación do programa marco en materia de investigación, a elaboración de liñas directrices en materia de emprego, etc.

Cabe destacar que no sucesivo recúrrese á votación por maioría cualificada no marco da Política Exterior e de Seguridade Común en dous casos:

• para a adopción de decisións de aplicación dunha estratexia común definida polo Consello Europeo;
• para toda decisión de aplicación dunha acción común ou dunha posición común previamente adoptada polo Consello.

Nunha Unión que un día contará preto de trinta Estados membros, será moi difícil de acadar un acordo unánime. A acción da Unión corre o risco de paralizarse. Polo tanto, era importante que esta reforma reducise os casos nos que un Estado membro pode impoñer o seu veto.

A ratificación do Tratado de Niza permitirá tomar por maioría cualificada decisións sobre unha trintena de disposicións do Tratado que até a data se rexían pola unanimidade.

Con respecto ás políticas comunitarias, unha decena de disposicións permitirán, a partir da entrada en vigor do Tratado de Niza, tomar decisións por maioría cualificada para o conxunto ou, cando proceda, para unha parte das materias cubertas pola disposición correspondente. Así ocorre coas decisións no ámbito da cooperación xudicial civil. Os acordos comerciais sobre servizos ou propiedade intelectual tamén poderán en principio ser concluídos polo Consello que decidirá por maioría cualificada.

Polo que se refire á ponderación de votos, o novo Tratado prevé a súa modificación a partir do 1 de xaneiro de 2005. O número de votos asignados a cada Estado membro modificouse e o número de votos que se asignarán aos países candidatos a partir da súa entrada na Unión xa se previu (véxase o seguinte cadro).

En adiante, acadarase a maioría cualificada cando:

Cooperacións reforzadas
O Tratado de Amsterdam previra a posibilidade dunhas "cooperacións reforzadas" dentro do marco institucional único co fin de permitir a algúns Estados membros cooperar xuntos, a prol da Unión, aínda que non todos os Estados quixeran ou puideran facelo por agora, entendéndose que poderían incorporarse ao grupo posteriormente. Este mecanismo de cooperación reforzada completábase non obstante con condicións rigorosas que limitaban as posibilidades prácticas de recorrer a este.

Para facer que o mecanismo sexa máis operativo, o Tratado de Niza suprime a posibilidade, prevista actualmente nos Tratados para cada Estado membro, de vetar o inicio dunha cooperación reforzada. Fixa en oito o número mínimo de Estados membros necesarios para instaurar unha cooperación reforzada e prevé a posibilidade de instaurar cooperacións reforzadas en política exterior e de seguridade común (PESC), excepto no ámbito da defensa. Garante que estas cooperacións reforzadas sitúanse no marco da Unión, respectan o cometido das institucións e permiten aos Estados membros que non participan inmediatamente nunha cooperación reforzada incorporarse a ela en calquera momento.

Para o cumprimento da súa misión, o Parlamento Europeo e o Consello conxuntamente, o Consello e a Comisión adoptarán regulamentos e directivas, tomarán decisións e formularán recomendacións ou emitirán ditames.

• Regulamentos: terán un alcance xeral. Serán obrigatorios en todos os seus elementos e directamente aplicables en cada Estado membro. 
• Directivas: obrigarán ao Estado membro destinatario en canto ao resultado que deba conseguirse, deixando, non obstante, ás autoridades nacionais a elección da forma e os medios. 
• Decisións: será obrigatoria en todos os seus elementos para todos os seus destinatarios. Unha decisión pode ir dirixida a calquera dos Estados membros, a empresas ou a persoas físicas. 
• Recomendacións e ditames: non son vinculantes. 

A lexislación comunitaria, así como as posicións comúns do Consello transmitidas ao Parlamento Europeo, publícanse no Diario Oficial en todas as linguas oficiais. 

O Consello dispón da axuda:

• Do Comité de Representantes permanentes (COREPER)

O COREPER (Comité de Representantes Permanentes) está constituído polos representantes permanentes dos Estados membros. Encárgase de asistir ao Consello da Unión tratando os asuntos (propostas e proxectos de actos presentados pola Comisión) que estean na orde do día deste, nunha fase previa ás negociacións. Ocupa un lugar central no sistema de toma de decisións comunitario onde é un órgano ao mesmo tempo de diálogo (diálogo entre os representantes permanentes e de cada un deles coa súa capital) e de control político (orientación e supervisión dos traballos dos grupos de expertos). Divídese de feito en dous co fin de facer fronte ao conxunto das tarefas que se lle confían:
• O Coreper I, composto polos representantes permanentes adxuntos; 
• O Coreper II, composto polos embaixadores representantes permanentes.

 
• Dunha Secretaría Xeral:

A Secretaría Xeral facilita a infraestrutura administrativa do Consello en todos os aspectos, e á súa fronte está un secretario xeral asistido por un secretario adxunto, ambos nomeados polo Consello por unanimidade.

O Secretario Xeral do Consello exerce as funcións de Alto Representante da política exterior e de seguridade común, mentres que a xestión da Secretaría Xeral recae actualmente no secretario xeral adxunto. 

O Alto Representante da PESC (Mr. ou Mrs PESC), actualmente Javier Solana, asiste á Presidencia do Consello contribuíndo, esencialmente, á formulación, elaboración e aplicación das decisións de política. Exerce así mesmo funcións de representación, e dispón do apoio dunha unidade de planificación de política e de alerta rápida situada baixo a súa responsabilidade.

Existe agora un novo artigo 255 no Tratado constitutivo da Comunidade Europea: todo cidadán da Unión, así como toda persoa física ou xurídica que resida ou teña o seu domicilio social nun Estado membro, terá dereito a acceder aos documentos do Parlamento Europeo , do Consello e da Comisión .

O Consello, seguindo o procedemento de codecisión co Parlamento Europeo, determina os principios xerais e os límites (por motivos de interese público ou privado) do dereito de acceso aos documentos, no prazo de dous anos a partir da entrada en vigor do Tratado de Amsterdam. Cada unha das institucións mencionadas elaborará no seu regulamento interno disposicións específicas sobre o acceso aos seus documentos.

Ademais, engadiuse ao artigo 207 (antigo artigo 151) un terceiro parágrafo segundo o cal o Consello estará obrigado a permitir o acceso do público a todos aqueles documentos deste que teñan relación coa súa actuación lexislativa. Como mínimo, "faranse públicos os resultados das votacións e as explicacións de voto, así como as declaracións na acta".