La nueva reglamentación (art. 20 Reglamento (CE) Nº 1260/99 del Consejo por el que se establecen disposiciones generales sobre los Fondos Estructurales) prevé reducir a 4 las iniciativas comunitarias:

• Interreg: actuará en los ámbitos de la cooperación transfronteriza, transnacional e interregional con el objetivo de fomentar un desarrollo armonioso, equilibrado y sostenible del conjunto del espacio comunitario.
• URBAN: destinado a la revitalización económica y social de las ciudades y de la periferias urbanas en crisis con vistas a promover un desarrollo urbano sostenible.
• Leader: destinado a promover el desarrollo rural.
• EQUAL: fomentará la cooperación transnacional para promocionar nuevos métodos de lucha contra las discriminaciones y desigualdades de cualquier tipo en relación con el mercado de trabajo.

Esta simplificación reducirá sensiblemente la pesada carga administrativa. Dado que se reduce el número de iniciativas, la nueva regulación ha reducido la dotación financiera de las iniciativas comunitarias al 5,35% del total de los Fondos estructurales para el periodo 2000-2006. El reparto financiero global para las iniciativas comunitarias queda como sigue:
 

• Interreg: 4 875 millones de euros
• URBAN: 700 millones de euros
• Leader: 2 020 millones de euros
• EQUAL: 2 847 millones de euro.

Las medidas actualmente elegibles de las otras Iniciativas Comunitarias URBAN, RECHAR, REGIS, RETEX, KONVER y RESIDER serán cofinanciadas en las zonas implicadas de los objetivos nº 1 y 2 por los programas operativos y los documentos únicos de programación.

Para la aplicación de las iniciativas, la Comisión prevé recurrir a las autoridades o interlocutores directamente afectados sobre el terreno. A fin de sacar el máximo beneficio posible de la cooperación transnacional o interregional, se propone crear estructuras ligeras de coordinación e intercambio.